$盛运5(SZ400089)$  上市公司是否可以发行股份合并其控股的有重大违法行为的破产重整后的退市公司，需要遵循相关法律法规，并考虑多个因素：

1. 破产重整的合规性：破产重整必须符合《企业破产法》等相关法律法规的要求，这包括信息披露、债权人会议、法院裁定等程序 。

2. 监管机构的态度：监管机构对于破产重整和上市公司合并的态度和要求是决定能否合并的关键因素。特别是当涉及重大违法行为时，监管机构可能会更加审慎 。

3. 重整后公司的经营状况：上市公司需要评估破产重整后的退市公司是否具备持续经营的能力，以及合并后能否实现业务协同和价值提升。

4. 中小投资者的权益保护：在破产重整和合并过程中，需要充分保护中小投资者的权益，确保他们的合法权益不受侵害。

5. 市场反应：上市公司还需要考虑市场对于合并行为的反应，包括股价变动、市场信心等因素。

6. 其他法律和财务问题：包括但不限于税务处理、资产评估、潜在的法律诉讼等，都需要在合并前进行充分的评估和准备。

综上所述，上市公司理论上可以通过发行股份合并其控股的破产重整后的退市公司。