国内AI蛋白质技术平台公司分子之心创始人兼首席科学家许锦波日前表示,未来蛋白质有望能够实现“按需设计”,并将对医药、环保、材料、食品、农业等行业发展起到极大的推动作用。
许锦波说,如果将生命体比作城市,蛋白质就是城市建设的基础材料和城市运行的基本单位。在深入蛋白质结构研究领域15年后,2016年的全球蛋白质结构预测比赛(CASP)中,他的RaptorX-Contact方法,证明AI可以大幅提升蛋白质结构预测精度。未将技术运用于产业,更切实地解决实际问题,他又将视野转向应用空间更大的AI蛋白质优化设计方向。
图为从氨基酸到蛋白质(模拟)
如果说“AI蛋白质结构预测”是“放大镜和透视镜”,能够帮助人们快速“看清”蛋白质的结构和功能,那么“AI蛋白质设计”不仅可以对自然界中已经存在蛋白质进行调整改造,甚至还可以设计出一些蛋白质。例如,如果能够设计出新颖的蛋白药物,将会有更大的概率解决当前人类遇见的许多疑难杂症,如果能够开发出更多优质安全的替代蛋白食品,就可以丰富人类的营养来源、缓解食品短缺问等。
带着这样的愿景,2021年底许锦波回国并于次年创办了公司分子之心。团队成员涉及的领域,包括生物、AI、药物和临床等等,是一支兼具AI、生物交叉背景与深厚产业经验的复合型人才团队。团队里80%是研发人员,核心研发团队里九成以上是博士。
2021年,分子之心推出了自主研发的功能完整的AI蛋白优化与设计平台MoleculeOS,填补了世界范围内尚没有功能完整的AI蛋白质设计和优化平台的空白。在2023世界人工智能大会上,分子之心又推出了集成序列、结构、功能和进化的产业级AI蛋白质生成大模型——达尔文(NewOrigin),这也是面向生物经济时代的基础设施级底层大模型。
除了技术上的持续突破,分子之心也将先进的技术应用到生物制造、生物医药等多个产业领域,在大幅降低产品研发时间的同时,还提高了成功率。例如,曾经有一家中国合成生物学的龙头企业抛给分子之心一个产业难题,用其他的方法或AI工具很难完成,但分子之心综合运用AI蛋白质技术和量子化学、分子动力学等科学计算方法,只花了6个月就完成了这项原本需要2到3年完成的任务。而且实验数据显示,效率提高了5倍。
“技术层面,希望AI蛋白质设计真的能做到‘按需设计’。近期的目标是,AI设计出的几十个分子里,能有1到2个达标的。长期目标是,AI每一个设计出来的分子,都能符合定制化要求。产业化方面,希望通过AI蛋白质技术,设计出真正、实用、有用的产品。”许锦波表示,如果要用爬山来做比喻,AI蛋白质设计才刚刚到达“山脚下”,要真实了解产业需求,将技术真正落地、解决问题,还有很长一段路要走。分子之心在脚踏实地解决产业中实际的问题,而不是说只开发一些通用算法,希望能打造出中国生物经济的基础设施。